以成為神奇寶貝大師為目標，小智（松本梨香 配音）、小剛（うえだゆうじ 配音）和小光（豊口めぐみ 配音）帶著各自的神奇寶貝在世界各地進行艱苦的修業之旅，今天他們歷經長途跋涉終于來到了風景秀美的米琪亞鎮。在當地一對小兄妹的介紹下，小智一行前往神殿遺址游玩。誰知卻遭遇了極其危險的情況。關鍵時刻，掌管時間的迪亞魯加和守衛神殿的西娜（北乃きい 配音）、凱賓（岸祐二 配音）幫助了他們，能與神奇寶貝心靈溝通的西娜還熄滅了冥王龍的怒火。從西娜口中得知，創造了世界的神奇寶貝即將蘇醒，它不僅會使時空扭曲錯亂，還將為世界帶來毀滅性的災難…… 本片為神奇寶貝系列第十二部電影劇場版。

　　克萊爾（米歇爾·菲佛 飾）組織了一次特別的圣誕郊游活動，而她的家人卻在忙碌中將她遺忘。當他們意識到錯誤時，她已經失蹤了。他們的圣誕節岌岌可危，但克萊爾另有打算。

　　故事發生在20世紀的30年代，雷（西恩·潘 Sean Penn 飾）是當時紅極一時的爵士樂傳奇人物。由于早年生活困頓，成名后雷養成了揮金如土的惡習，壓抑許久的他放縱自己迷失在由金錢和美女組成的奢侈世界里。　　一位名叫海蒂（薩曼莎·莫頓 Samantha Morton 飾）的普通洗衣女工深深的愛上了雷，愿意為雷付出一切，而雷亦對單純的海蒂抱有好感。可是，此時的雷并不想過早的走入安定的家庭生活，更何況，雷可是一位藝術家啊，對于藝術家來說，婚姻難道不正是靈感的墳墓嗎？就這樣，雷和海蒂漸行漸遠。之后，雷娶了性感妖嬈的作家布蘭奇（烏瑪·瑟曼 Uma Thurman 飾），卻發現布蘭奇是比自己還要放浪形骸的“交際花”。直到此時，雷才想起了海蒂的好，可是雷沒有把握，這個單純可愛的女孩如今還會一如既往的包容他，接納他嗎？

 麥克（布魯斯·威利斯 飾）是著名兒童心理學家，卻也有始終未能治愈的患者，甚至因此遭到槍擊，這名少年隨后也飲槍自斃。這給麥克帶來很大心理陰影，一年后他找到另一個癥狀很像這名患者的男孩柯爾（海利·喬·奧斯蒙 飾），并耐心的做起了他的醫生。柯爾并不容易接近，但麥克還是慢慢贏得 了他的信任，得知了柯爾的秘密。原來柯爾有著靈異的第六感，可以看到鬼魂。雖然這令人感到難以置信，但麥克在證實了事情的真相后還是幫助柯爾接受了這個事實。可是就在問題即將得到解決的時候，麥克卻在柯爾的引導下，發現了一個更令人震驚的秘密……