經過長時間的休整，治療眼傷的瀨文焚流（加瀨亮 飾）終于隨著當麻（戶田惠梨香 飾）重返闊別已久的未詳，只是此時來自公安部公安五課的市柳（でんでん 飾）和吉川（北村一輝 飾）握得實權，令瀨文等人頗為氣悶。與此同時，在市井算命的覺被一掌握瞬間移動能力的黑衣男子射殺，同時遇害的還有覺的保鏢以及幾名無辜市民。父母雙雙遇害而作為幸存者并且目擊了黑衣人真實容顏的少女久遠望（谷村美月 飾）便成為對方追殺的目標。為了保護小望，未詳同仁通力合作，并持續追索黑衣人的真面目以及其背后的陰謀。在此期間，當麻也展示了其不為人知的SPEC。一場斗智斗勇的戰斗拉開了序幕……

　　Luna, a cruise ship chambermaid, has to quit her job to attend to her sick brother. While doing so, she discovers that her mother has gone missing and her brother's condition is getting progressively worse. The siblings desperately sneak into an empty condo unit but soon discover that Penthouse 77 is not what it seems.

A couple near the end of their marriage begin to encounter supernatural forces that cause them to fight for their lives.

　　埃及裔美國人安瓦?艾爾?伊布拉西米（奧瑪爾?梅特瓦利 飾）大約二十年前，從埃及移民到了美國，與漂亮的美國姑娘伊莎貝拉?菲爾茲（莉絲?維瑟斯彭 飾）成了家，夫妻恩愛生活美滿，育有一子，伊莎貝拉肚子里的第二胎也日漸成型。　　某日，安瓦?艾爾?伊布拉西米從南非出差回來，在華盛頓機場被神秘的黑衣人帶走，原因是中央情報局認為身為化學品工程師的安瓦?艾爾?伊布拉西米是恐怖分子，想從他口中撬出有用的情報。倒霉的安瓦被“引渡”至埃及的開羅，交由駐扎在當地的中情局探員道格拉斯?弗里曼（杰克?吉倫哈爾 飾）和老奸巨猾的當地探員審訊。　　另一方面，身懷六甲的伊莎貝拉，堅信丈夫是無辜的，四下奔走，努力尋找丈夫的下落。期間，她雖然幸運地獲得舊情人（彼得?薩斯加德 飾）的幫助，但終究不足以國家強勢機構對抗，一籌莫展。　　與此同時，剛剛入行不久的特工道格拉斯?弗里曼，在目睹了CIA同事們對安瓦進行的非人道審訊時，也面臨著良心的拷問。　　安瓦是不是恐怖分子？伊莎貝拉能否和丈夫團圓？中情局新手道格拉斯?弗里曼，究竟在這場暗戰中發揮了怎樣的作用？對這一切疑問的解答，必將引向對“引渡”政策的重新審視。