由于兩年前揭發同僚貪污，臺北警官黃火土（梁家輝）被上級報復調入冷門的外事組工作，利益也曾連帶受損的新同事對他怒言相向，加上妻子清芳（劉若英）受不了他長期不回家要求離婚，黃火土感覺他的世界正在逐漸四分五裂。就在此時，三宗受害者的身份并無關聯的震驚了臺灣社會的離奇命案發生，法醫（楊貴媚）驗尸發現他們都是因中一種神秘的黑霉菌產生幻覺而死，因為缺乏此方面的人才，當局從美國請來此種案例的偵辦專家凱文萊特（David Morse）協助破案，黃火土重被任用。隨著一樁令所有人都目瞪口呆的事實的被發現，一場圍繞政治利益與民眾利益的斗爭也在黃火土和辦案伙伴李豐博（戴立忍）及整個警察隊伍之間展開。

　　ある日、沖縄の海に奇怪な生物が現れた。オニヒトデを思わせる「それ」は毒液で漁師を負傷させ、瞬く間に日本全域に広がった。それは伝説のニライカナイの古代文明が環境汚染の解決の為の生體浄化システムとして生み出したが、暴走したために結果としてニライカナイの滅亡の一因となった怪獣ダガーラの復活の前兆であった。　　エリアス姉妹は地球の危機を察知して石垣島へ飛ぶと、そこにはニライカナイから來た小生物ゴーゴが出現し、その尾の裝飾リングから寶がある事を悟った本土からの密猟者と、ゴーゴを保護した地元の少女たちがいた。エリアス姉妹は「ニライカナイの遺跡にはダガーラを倒す秘寶がある」という伝説を知っていた。少女たちとエリアス姉妹、そして姉妹と対立する黒い妖精ベルベラと密猟者はそれぞれ組んで海へ出る。　　ゴーゴの手引きでニライカナイの遺跡であるピラミッドが海から出現した。だが、寶捜しをしている頃、石垣島にダガーラが上陸し暴れ出したため、エリアス姉妹はモスラを召喚して戦いを挑む。ダガーラとモスラは石垣島から西表島まで空中戦を繰り広げ、遺跡のピラミッド付近で海中戦となり、モスラは海での戦いを得意とするダガーラに海に引きずり込まれた。そしてダガーラは「それ」 = 無數のベーレムをモスラに取り付かせ、モスラは戦闘不能に陥った。エリアスは必死にモスラに取り付いたベーレムを剝がそうと試みるが、あまりにも沢山付いているため、全くきりがない。絶體絶命のピンチに陥ったモスラ、寶の発見は急務となった。　　遺跡の中のトラップをくぐり抜けた少女たちと密猟者は、辿りついたホールでニライカナイの王女の立體映像から「ゴーゴが寶の主として少女 = 汐里を選んだ」事を告げられる。だが、ダガーラはピラミッドを襲撃してきた! 崩壊するピラミッドの最中、モスラはゴーゴの「命の水」の力により、取り付いたベーレムは取り払われ、さらにレインボーモスラとなってパワーアップし、再びダガーラと再戦する。さっきまでの狀況とは一変し、今度はモスラが優位に立った。ダガーラが再び海中に潛った時、モスラはアクアモスラに変身し、戦いの舞臺は、海底に移った。ダガーラの攻撃をバリアーでガードし、ダガーラに強力な攻撃を與えるモスラ。さらに分身モードとなり、ダガーラの體內から、ベーレムを倒しながら攻撃し、遂にダガーラは倒れ、その後、ピラミッドと共に消滅。モスラも海から出てきた後、元の姿のレインボーモスラに戻り、インファント島に帰って行き、危機は去ったのであった。

　　記者玲（李心潔飾）的男友Peter獲得一宗刑事案件的新聞線報，前去取證途中突然遭遇交通事故意外身亡。玲覺得事有蹊蹺，調查后發現一宗模特命案。女模特Helen裸死于家中浴缸，富豪之子張承志沒有不在場證據，但事件竟被警方低調處理，張承志的相關證據也被消除。玲為不愿男友枉死，誓要調查出事件真相，但報社總編輯曾達時（梁家輝飾）卻不愿為玲伸出援手。無奈之下，玲只好求助常常被追債的飛(黃秋生飾)與馬仔(葛民灰)幫助她調查真相。飛原來是警察出身，在調查中，他發現Peter的死因確有蹊蹺。隨著調查的進行，黑暗中的黑手不斷想將玲置于死地，究竟事件的真相能否登上報紙的A1頭條？真相與言論自由的賽跑，在香港的午夜開始。

　　1858年，在博洛尼亞的猶太區，教皇的士兵闖入了莫塔拉家，按照樞機主教的命令，他們要搶走莫塔拉家的七歲兒子埃德加羅。這個孩子在嬰兒時期被保姆秘密洗禮，教皇法律是不容置疑的：他必須接受天主教教育。莫塔拉的父母心痛萬分，他們將不惜一切代價取回自己的兒子。在國際猶太社區和輿論 的支持下，莫塔拉家的斗爭很快就帶上了政治色彩。但是，教會和教皇不會同意歸還這個孩子，因為這有助于鞏固越來越動搖的權力……