影片講述了天機門被懸刃衛以通敵叛國罪滅門后，氣劍宗葉梵星受父命潛入懸刃衛查探真相，并與天機門唯一幸存者夏璃月相遇，二人共同揭露背后陰謀，誅殺叛徒并守護家國的故事

　　快樂的暑假開始了，啟人（津村真琴 配音）為了掃墓來到了風光秀麗的沖繩，在海邊，他和阿海（佐伯鵬 配音）一起救下了一位名為美波（三石琴乃 配音）的少女，后者遭到了數碼獸的攻擊，這些數碼獸的目標，似乎是美波所攜帶的一臺筆記本電腦，在電腦里究竟隱藏了怎樣的秘密？讓啟人感到意外的是，美波的遇險催生了數碼寶貝石獅獸（津久井教生 配音）的誕生，它的使命為何？　　啟人發現，在風靡全球的電子寵物V-Pet背后，隱藏著一個驚人的秘密，貪婪邪惡的曼法斯獸企圖通過虛擬的數碼獸摧毀人類世界，實現它建立數碼世界的野心。面對強大的對手，啟人和朋友們該何去何從？

　　三年前的8月31日，“侵略者”巨大的母艦突如其來地降臨在東京，眼看這個世界即將迎來末日。　　自此之后，絕望漸漸地融入了日常生活；大大的飛碟盤旋于空中，今天也依然不變地持續環繞著世界。而在還沒有來到世界末日的此刻，小山門出、中川凰蘭這兩個高中女生的青春時代才正要展開。

作為聾人家庭唯一能聽見聲音的成員，含羞的少女發現自己擁有唱歌天賦，她不得不在履行責任和尋找自己的道路之間做出抉擇。