無(wú)數(shù)次的災(zāi)難與戰(zhàn)爭(zhēng)，讓人類(lèi)的數(shù)量銳減，似乎也因此使得宇宙變得更加寧?kù)o。而今人工智能機(jī)器人已在宇宙間占有絕對(duì)的統(tǒng)治地位，人類(lèi)卻只有兩成左右。雖然科學(xué)極大進(jìn)步，可惜人類(lèi)無(wú)法突破壽命的百年限定，他們匆匆而來(lái)，默默而終，不知不覺(jué)走向滅亡。　　帶有濃重昭和氣息的宇宙飛船中，生活著編號(hào)為722的人形機(jī)器人鈴木洋子（神樂(lè)坂惠 飾）。她與AI機(jī)器人相伴，永遠(yuǎn)奔波在漫長(zhǎng)的宇宙旅途中。她的日常百無(wú)聊賴，洗衣服、縫扣子、剪指甲、打掃衛(wèi)生，孤獨(dú)與靜寂永無(wú)止境。洋子是一名宇宙快遞員，她所投遞的貨物卻都是些看似無(wú)關(guān)緊要的小物件。每次投遞需要花費(fèi)數(shù)年時(shí)間，縱使瞬間旅行已成可能，不過(guò)她卻似乎有什么理由消磨這漫長(zhǎng)的時(shí)光。一顆孤獨(dú)的星球上，仿佛被全宇宙所遺忘的人類(lèi)，在破敗的街道上等待著遠(yuǎn)方的造訪……

 在一家名為“自由伊甸園”的商店里。店員“蘋(píng)果”、“櫻桃”和“無(wú)花果”私下維持著一個(gè)神秘的女巫社團(tuán)，而新入職店員“南瓜”的出現(xiàn)，開(kāi)始讓這份姐妹情誼遭受質(zhì)疑。面對(duì)新人的挑戰(zhàn)，這群各懷鬼胎的女性不得不直面潛藏心底的幽暗，沖突也隨之演變成血腥的暴力。

　　ある日、沖縄の海に奇怪な生物が現(xiàn)れた。オニヒトデを思わせる「それ」は毒液で漁師を負(fù)傷させ、瞬く間に日本全域に広がった。それは伝説のニライカナイの古代文明が環(huán)境汚染の解決の為の生體浄化システムとして生み出したが、暴走したために結(jié)果としてニライカナイの滅亡の一因となった怪獣ダガーラの復(fù)活の前兆であった。　　エリアス姉妹は地球の危機(jī)を察知して石垣島へ飛ぶと、そこにはニライカナイから來(lái)た小生物ゴーゴが出現(xiàn)し、その尾の裝飾リングから寶がある事を悟った本土からの密猟者と、ゴーゴを保護(hù)した地元の少女たちがいた。エリアス姉妹は「ニライカナイの遺跡にはダガーラを倒す秘寶がある」という伝説を知っていた。少女たちとエリアス姉妹、そして姉妹と対立する黒い妖精ベルベラと密猟者はそれぞれ組んで海へ出る。　　ゴーゴの手引きでニライカナイの遺跡であるピラミッドが海から出現(xiàn)した。だが、寶捜しをしている頃、石垣島にダガーラが上陸し暴れ出したため、エリアス姉妹はモスラを召喚して戦いを挑む。ダガーラとモスラは石垣島から西表島まで空中戦を繰り広げ、遺跡のピラミッド付近で海中戦となり、モスラは海での戦いを得意とするダガーラに海に引きずり込まれた。そしてダガーラは「それ」 = 無(wú)數(shù)のベーレムをモスラに取り付かせ、モスラは戦闘不能に陥った。エリアスは必死にモスラに取り付いたベーレムを剝がそうと試みるが、あまりにも沢山付いているため、全くきりがない。絶體絶命のピンチに陥ったモスラ、寶の発見(jiàn)は急務(wù)となった。　　遺跡の中のトラップをくぐり抜けた少女たちと密猟者は、辿りついたホールでニライカナイの王女の立體映像から「ゴーゴが寶の主として少女 = 汐里を選んだ」事を告げられる。だが、ダガーラはピラミッドを襲撃してきた! 崩壊するピラミッドの最中、モスラはゴーゴの「命の水」の力により、取り付いたベーレムは取り払われ、さらにレインボーモスラとなってパワーアップし、再びダガーラと再戦する。さっきまでの狀況とは一変し、今度はモスラが優(yōu)位に立った。ダガーラが再び海中に潛った時(shí)、モスラはアクアモスラに変身し、戦いの舞臺(tái)は、海底に移った。ダガーラの攻撃をバリアーでガードし、ダガーラに強(qiáng)力な攻撃を與えるモスラ。さらに分身モードとなり、ダガーラの體內(nèi)から、ベーレムを倒しながら攻撃し、遂にダガーラは倒れ、その後、ピラミッドと共に消滅。モスラも海から出てきた後、元の姿のレインボーモスラに戻り、インファント島に帰って行き、危機(jī)は去ったのであった。

　　本作は田舎に住む祖父母に會(huì)いに行く看護(hù)學(xué)生の孫を主人公にした物語(yǔ)。孫は家族水入らずで幸せな時(shí)間を過(guò)ごすが、祖父母の家にいる「何か」に違和感を覚え、やがて人間の存在自體を揺るがすような根源的な恐怖に直面する。