影片改編自風靡全球的同名繪本系列，肖恩·蒙德茲獻聲演唱鱷魚萊萊。　　故事講述了小男孩喬什·普利姆跟隨父母舉家搬進大城市的新居，和一只住在閣樓上、能舞會唱的鱷魚成為好朋友的奇遇故事。自帶歡樂屬性的鱷魚萊萊治愈了難以適應新環境的喬什，喬什也努力消除父母對萊萊的偏見。兩小只開啟前所未有的都市歷險，歷經重重歡樂鬧劇，萊萊與普利姆一家最終成為了彼此的家人與伙伴。

　　在納粹德國，玩具制造商擁有一本神秘的書籍，賦予無生命的生命。在躲過希特勒命令取回書的黨衛軍之后，這位玩具商登上了一列火車企圖逃離該國。認為他很清楚，玩具制造商很快就發現，一批高級納粹軍官也加入進來。最終，他的秘密被揭露出來，納粹關閉。但是，玩具制造商已經使用這個神奇的東西來帶來一個名叫羅伯特的復古娃娃來生活 - 而羅伯特將毫無阻礙地保護他的主人。所以，當玩具制造商和殺手娃娃拿起納粹時，就開始了一場血腥的戰斗。這是對死亡的一場戰斗，只有勝利者才會在下一站下車。

 克萊默夫婦像普通的美國夫婦一樣，克萊默先生（達斯汀?霍夫曼 Dustin Hoffman 飾）在外工作掙錢，克萊默夫人（梅麗爾?斯特里普 Meryl Streep 飾）則在家照料照料6歲的兒子比利（賈斯汀?亨利 Justin Henry 飾）。由于克萊默先生忙于工作忽略了家庭，克萊默夫人某天憤然出走，留下了父子兩。克萊默先生現在一方面要忙于工作，一方面又要照顧比利，生活一時陷入麻煩中。克萊默先生不善家務，在照料比利時洋相百出：第一次為比利煎西多士、過程十分恐怖；比利不吃飯要吃雪糕，克萊默先生想阻止卻不懂溝通……幸好在女鄰居的幫助下，克萊默先生逐漸適應了單身父親的生活。父子兩越來越親密，互相依賴。這時，克萊默夫人回來了，她已經是紐約一名出色的設計師了。她回來要拿回比利的撫養權……

　　ある日、沖縄の海に奇怪な生物が現れた。オニヒトデを思わせる「それ」は毒液で漁師を負傷させ、瞬く間に日本全域に広がった。それは伝説のニライカナイの古代文明が環境汚染の解決の為の生體浄化システムとして生み出したが、暴走したために結果としてニライカナイの滅亡の一因となった怪獣ダガーラの復活の前兆であった。　　エリアス姉妹は地球の危機を察知して石垣島へ飛ぶと、そこにはニライカナイから來た小生物ゴーゴが出現し、その尾の裝飾リングから寶がある事を悟った本土からの密猟者と、ゴーゴを保護した地元の少女たちがいた。エリアス姉妹は「ニライカナイの遺跡にはダガーラを倒す秘寶がある」という伝説を知っていた。少女たちとエリアス姉妹、そして姉妹と対立する黒い妖精ベルベラと密猟者はそれぞれ組んで海へ出る。　　ゴーゴの手引きでニライカナイの遺跡であるピラミッドが海から出現した。だが、寶捜しをしている頃、石垣島にダガーラが上陸し暴れ出したため、エリアス姉妹はモスラを召喚して戦いを挑む。ダガーラとモスラは石垣島から西表島まで空中戦を繰り広げ、遺跡のピラミッド付近で海中戦となり、モスラは海での戦いを得意とするダガーラに海に引きずり込まれた。そしてダガーラは「それ」 = 無數のベーレムをモスラに取り付かせ、モスラは戦闘不能に陥った。エリアスは必死にモスラに取り付いたベーレムを剝がそうと試みるが、あまりにも沢山付いているため、全くきりがない。絶體絶命のピンチに陥ったモスラ、寶の発見は急務となった。　　遺跡の中のトラップをくぐり抜けた少女たちと密猟者は、辿りついたホールでニライカナイの王女の立體映像から「ゴーゴが寶の主として少女 = 汐里を選んだ」事を告げられる。だが、ダガーラはピラミッドを襲撃してきた! 崩壊するピラミッドの最中、モスラはゴーゴの「命の水」の力により、取り付いたベーレムは取り払われ、さらにレインボーモスラとなってパワーアップし、再びダガーラと再戦する。さっきまでの狀況とは一変し、今度はモスラが優位に立った。ダガーラが再び海中に潛った時、モスラはアクアモスラに変身し、戦いの舞臺は、海底に移った。ダガーラの攻撃をバリアーでガードし、ダガーラに強力な攻撃を與えるモスラ。さらに分身モードとなり、ダガーラの體內から、ベーレムを倒しながら攻撃し、遂にダガーラは倒れ、その後、ピラミッドと共に消滅。モスラも海から出てきた後、元の姿のレインボーモスラに戻り、インファント島に帰って行き、危機は去ったのであった。