Moira Cole家人被殘忍地殺害后努力地想要重建破碎的生活，但一切并不會那么容易，因為殺害她家人的正是與她擁有同樣血脈的表弟。

 故事發生在文革前夕的1965年。婦女隊長春苗（李秀明 飾）看不慣醫療衛生大權把持在有資產階級思想意識的人手中，她主動請纓到公社衛生院學習，以期學成回村為貧下中農服務。她不顧院長杜文杰（白穆 飾）和醫生錢濟仁（馮奇 飾）的刁難排擠，在方明（達式常 飾）的幫助下，她刻苦鉆研專業知識，但杜與錢的所做所為還是讓她憤然離開了醫院。春苗回村后，在黨支部的支持下，她在村里的衛生室做了一名赤腳醫生。1966年，文革開始后，杜文杰出于不可告人的目的，在公社辦起赤腳醫生培訓班，春苗和其它村的赤腳醫生揭穿了杜文杰的陰謀，杜腦羞成怒，暗中下毒謀害水昌伯（高寶成 飾），并嫁禍春苗，春苗識破了杜的詭計......

 由于兩年前揭發同僚貪污，臺北警官黃火土（梁家輝）被上級報復調入冷門的外事組工作，利益也曾連帶受損的新同事對他怒言相向，加上妻子清芳（劉若英）受不了他長期不回家要求離婚，黃火土感覺他的世界正在逐漸四分五裂。就在此時，三宗受害者的身份并無關聯的震驚了臺灣社會的離奇命案發生，法醫（楊貴媚）驗尸發現他們都是因中一種神秘的黑霉菌產生幻覺而死，因為缺乏此方面的人才，當局從美國請來此種案例的偵辦專家凱文萊特（David Morse）協助破案，黃火土重被任用。隨著一樁令所有人都目瞪口呆的事實的被發現，一場圍繞政治利益與民眾利益的斗爭也在黃火土和辦案伙伴李豐博（戴立忍）及整個警察隊伍之間展開。

　　在那場悲劇發生25年后，一個年輕的少年發現了屬于他祖父的神秘盒子……