故事圍繞的士司機宇佐美浩二（木村拓哉 飾）展開，他每日奔波于都市間工作養家，卻因女兒的學費、的士驗車費、房屋租金等接踵而至的現實壓力而身心俱疲。某日，浩二接到一項特別的委托——接載年邁的高野堇女士（倍賞千惠子 飾）從東京柴又前往神奈川葉山的養老院。“在離開東京之前，想先到幾個想去的地方看看”，堇女士淡然請求。隨著的士駛過日本的大街小巷，陌生的兩人逐漸打開心扉，堇女士也徐徐道出自己跌宕的人生過往。這趟偶然的旅程，不僅觸動了他們的心靈，也讓二人在平凡的日子中，為彼此的人生留下難忘的美好印記。

 以成為神奇寶貝大師為目標，小智（松本梨香 配音）、小剛（うえだゆうじ 配音）和小光（豊口めぐみ 配音）帶著各自的神奇寶貝在世界各地進行艱苦的修業之旅，今天他們歷經長途跋涉終于來到了風景秀美的米琪亞鎮。在當地一對小兄妹的介紹下，小智一行前往神殿遺址游玩。誰知卻遭遇了極其危險的情況。關鍵時刻，掌管時間的迪亞魯加和守衛神殿的西娜（北乃きい 配音）、凱賓（岸祐二 配音）幫助了他們，能與神奇寶貝心靈溝通的西娜還熄滅了冥王龍的怒火。從西娜口中得知，創造了世界的神奇寶貝即將蘇醒，它不僅會使時空扭曲錯亂，還將為世界帶來毀滅性的災難…… 本片為神奇寶貝系列第十二部電影劇場版。

　　1.「看不見的沉淀」　　在不動產公司工作的佐佐木裕介。就在他進公司第三年終于開始上手時的某一天，裕介大學時代的同學?井口真梨惠（內田理央 飾）來到了不動產公司。真梨恵表示想尋找和同樣是大學同學的駒田和哉（岡山天音 飾）一起住的房子。然而和哉所要求的租 金與離車站距離等條件卻很難找到符合的房子，最后和哉提出要求讓裕介介紹事故物件（臺灣俗稱的兇宅）給他，事情就是從和哉與不知情的真梨恵入住新房開始的．．．那間房子曾經有男人吊死在衣柜內，數個月后的某日，憔悴的真梨恵拜訪了裕介，她說和哉的樣子越來越奇怪???。　　2.「迷途的女人」　　因親人調職而剛搬到鄉下地區的女高中生?金子初美（平佑奈 飾），還沒適應新環境。在某個夏日，她走了與平時不同的路，卻不小心在山間迷路，等到她注意到時，一個怪異的長髮女人不懷好意地靠近她???。　　3.「被搶走的地方」　　在醫院的內科擔任護士工作的村田久美子（菜菜緒 飾），對一位年長的病人?五十嵐德治非常頭痛。由于會有夾帶細菌的危險性，醫院內是禁止將盆栽植物帶入病房內的，然而五十嵐卻堅持要把一盆黑竹放在病房內，在久美子的勸說下，五十嵐終于同意讓久美子暫為保管黑竹，然而就在五十嵐自言自語著黑竹很寂寞希望把它還回來時，五十嵐卻去世了。久美子也覺得這黑竹有些奇怪的感覺。五十嵐去世后，久美子悄悄把黑竹帶回自家照顧。某天晚上，家中沒有養貓的久美子，卻在睡覺時聽到貓的叫聲???　　4.「浪花心靈道」　　這是在阿好還沒成為藝人，在小吃店打工時發生的事，在媽媽桑千佳(余貴美子 飾)的介紹下，佳子與店內的常客柴崎雄二（桐山漣 飾）交換了聯絡方式，數天后阿好收到來自柴崎的訊息，上頭寫著「明天，有空？」，認為是約會邀約的阿好，隔天卻被帶往柴崎的父親的房間，柴崎表示因最近附近亡故，希望阿好能一起幫忙整理遺物。柴崎將父親的黑色念珠作為禮物贈送給努力幫忙的阿好，首次收到男性禮物的阿好非常高興，在那之后，阿好與同居人真晝(暫譯)同住的房內開始接二連三發生怪事???。　　5.「穿衣鏡」　　剛開始在家庭餐廳打工的近藤萌繪（葵若菜 飾），在打工的時候結識了與她同年紀的藤本裕子（今田美櫻 飾），裕子送了一面穿衣鏡給萌繪作為禮物。某天夜裡，萌繪正在睡覺時，房間內的穿衣鏡發生了奇怪的變化???。　　6.「來自念波的盡頭」　　經營會計師事務所的中井英才（北村一輝 飾），有一天去了二手回收店，被一個有點年代的收音機吸引而購買。回到家裡打開了廣播收音機，卻聽到了「嗚、嗚、嗚、」像有人在呻吟般的令人毛骨悚然的聲音???

 1985年，濃霧籠罩的郊外，周日早晨少女麗莎·約翰遜（阿比蓋爾·布蕾斯琳 Abigail Breslin 飾）被弟弟羅比（Peter DaCunha 飾）吵醒。她頗感煩惱地起床，按照媽媽（米歇爾·諾爾頓 Michelle Nolden 飾）的指示洗衣服，爸爸布魯斯（彼德·奧德博拉治 Peter Outerbridge 飾）則在地下室修著汽車。看似平凡無奇的普通人家，卻彌漫著詭異神秘的氣息。不知曾幾何時，麗莎發現每天重復著同樣的內容，家人反復干著同樣的事、說著同樣的話、度過同一個濃霧籠罩的周末。她嘗試改變這一切，然而無從下手，此外更有帶著死神氣息的男子警告麗莎不要破壞當前的一切。無法忍受折磨的麗莎，不可避免落入過去、現在和未來的夾縫中，局勢完全失控……