故事發生在一個虛構的城市——埃迪森市中，在那里，執政者和執法者相互勾結，黑惡勢力層出不窮，金錢和權利的交易每天都在發生，這些黑暗和腐敗猶如一只巨大而厚重的手掌，控制了整個城市和生活在其中的人們。波拉克（賈斯汀·丁伯萊克 Justin Timberlake 飾）是一名尚且保留了赤子之心的記者，精明的他很快就察覺到了發生在這個城市中的種種罪惡，心懷遠大理想的他決定將它們一一揭發。　　波拉克的舉動很快就惹惱了他正在調查的對象們，他們決定滅掉這個不知好歹的小子。在危險之中，波拉克只得求助于自己的老板艾斯佛（摩根·弗里曼 Morgan Freeman 飾）——一個良心尚存的老記者，在艾斯佛和其好友華勒斯檢察官（凱文·史派西 Kevin Spacey 飾）的幫助下，波拉克正在一步一步的接近真相。

　　預科學校若智書院有一群成績堪憂思想活躍的學生，校董家的謝天（何啟南 飾）與謝地兄妹憑借老爸身份，即便留級也不擔心學業；綽號水電工的嘉明為人老實，暗戀同學白逸夢（陳松伶 飾），而白逸夢滿腦子言情幻想，全然沒有留意；李時珍（李麗珍 飾）因為在南太平洋群島旅游，耽誤了開學日，在旅游期間，李時珍結識了香港青年戴運河（陳山河 飾），運河對時珍一見鐘情，不顧家人反對退掉美國大學，趕到香港入讀若智書院。運河的到來令謝天大為緊張，謝天屬意時珍日久，和死黨吳成材一直無法打動芳心，但也不能容忍運河插手。校園內一時掀起了一場多角戀愛的爭奪……校董面對惡作劇的學生們大為光火，聘請軍校老師對書院進行軍事化管理，這引發了學生們的空前團結……

　　安吉拉（珍妮·蓋諾 Janet Gaynor 飾）的母親身患重病，急需藥物進行治療。生活在窮困潦倒之中的安吉拉無奈之下只能行竊救命，她的舉動自然遭到了警方的通緝和追捕，安吉拉就此踏上了逃亡的旅途。　　途中，安吉拉來到了一個馬戲團之中，隱姓埋名成為了其中的一名演員，這正好幫助她拜托了警方的糾纏。在馬戲團中，安吉拉邂逅了名為基諾（查爾斯·法萊爾 Charles Farrell 飾）的年輕畫家。基諾雖然有著一身的才華卻依舊只是一個名不見經傳的無名畫家，安吉拉的出現激發了他的靈感，幫助他取得了事業上的成就，墜入愛河的兩人決定結婚，但在婚禮舉行之際，警方還是發現了安吉拉的蹤跡。

　　ある日、沖縄の海に奇怪な生物が現れた。オニヒトデを思わせる「それ」は毒液で漁師を負傷させ、瞬く間に日本全域に広がった。それは伝説のニライカナイの古代文明が環境汚染の解決の為の生體浄化システムとして生み出したが、暴走したために結果としてニライカナイの滅亡の一因となった怪獣ダガーラの復活の前兆であった。　　エリアス姉妹は地球の危機を察知して石垣島へ飛ぶと、そこにはニライカナイから來た小生物ゴーゴが出現し、その尾の裝飾リングから寶がある事を悟った本土からの密猟者と、ゴーゴを保護した地元の少女たちがいた。エリアス姉妹は「ニライカナイの遺跡にはダガーラを倒す秘寶がある」という伝説を知っていた。少女たちとエリアス姉妹、そして姉妹と対立する黒い妖精ベルベラと密猟者はそれぞれ組んで海へ出る。　　ゴーゴの手引きでニライカナイの遺跡であるピラミッドが海から出現した。だが、寶捜しをしている頃、石垣島にダガーラが上陸し暴れ出したため、エリアス姉妹はモスラを召喚して戦いを挑む。ダガーラとモスラは石垣島から西表島まで空中戦を繰り広げ、遺跡のピラミッド付近で海中戦となり、モスラは海での戦いを得意とするダガーラに海に引きずり込まれた。そしてダガーラは「それ」 = 無數のベーレムをモスラに取り付かせ、モスラは戦闘不能に陥った。エリアスは必死にモスラに取り付いたベーレムを剝がそうと試みるが、あまりにも沢山付いているため、全くきりがない。絶體絶命のピンチに陥ったモスラ、寶の発見は急務となった。　　遺跡の中のトラップをくぐり抜けた少女たちと密猟者は、辿りついたホールでニライカナイの王女の立體映像から「ゴーゴが寶の主として少女 = 汐里を選んだ」事を告げられる。だが、ダガーラはピラミッドを襲撃してきた! 崩壊するピラミッドの最中、モスラはゴーゴの「命の水」の力により、取り付いたベーレムは取り払われ、さらにレインボーモスラとなってパワーアップし、再びダガーラと再戦する。さっきまでの狀況とは一変し、今度はモスラが優位に立った。ダガーラが再び海中に潛った時、モスラはアクアモスラに変身し、戦いの舞臺は、海底に移った。ダガーラの攻撃をバリアーでガードし、ダガーラに強力な攻撃を與えるモスラ。さらに分身モードとなり、ダガーラの體內から、ベーレムを倒しながら攻撃し、遂にダガーラは倒れ、その後、ピラミッドと共に消滅。モスラも海から出てきた後、元の姿のレインボーモスラに戻り、インファント島に帰って行き、危機は去ったのであった。