影片時間線設定在1979年第一部《異形》與1986年的續集《異形2》之間，圍繞一群年輕而勇敢的太空殖民者展開。講述他們為逃離外星采礦殖民地的沉悶生活，在冒險探索一座廢棄的太空站時，意外遭遇了宇宙中最可怕的生命體——異形?！　—M窄幽暗、危機四伏的空間站中，大逃殺的序幕已經被無情拉開，人類再次成為異形生物捕獵的目標。在無盡的黑暗與死亡威脅的籠罩之下，太空探險隊員們能否在每一次心跳的瞬間，察覺到未知生物潛伏的絲絲寒意？在這場你死我活的追逐戰中，他們將直面怎樣的信任挑戰和道德掙扎？當一個又一個同伴被殘忍吞噬，求救無門的他們究竟能否在這場太空殺戮中尋得一線生機？

　　從小，楚仁（姜東元 飾）就知道自己擁有能夠控制人心的超能力，凡是被他的雙眼所正視的人，無一例外的會被迷惑而任其擺布?？恐衿娴某芰?，楚仁得到了一切他想要得到的東西，但人性本就貪婪，個性乖僻的他依然沒有感到滿足，而是變本加厲的使用這能力干起了犯罪的勾當?！　≡谝淮瓮蹈`行動中，楚仁和名為奎南（高修 飾）的男子相遇了。讓楚仁感到震驚的是，這個外表平凡的男子居然沒有受到自己的蠱惑，他不僅讓行動遭遇了失敗，還害自己錯手殺死了無辜的人成為了通緝的對象。更讓楚仁憤怒的是，不自量力的奎南居然對自己展開了調查。一場貓鼠之間的追逐正式拉開了序幕。

　　ある日、沖縄の海に奇怪な生物が現れた。オニヒトデを思わせる「それ」は毒液で漁師を負傷させ、瞬く間に日本全域に広がった。それは伝説のニライカナイの古代文明が環境汚染の解決の為の生體浄化システムとして生み出したが、暴走したために結果としてニライカナイの滅亡の一因となった怪獣ダガーラの復活の前兆であった?！　ˉē辚ⅴ箠椕盲系厍颏挝Cを察知して石垣島へ飛ぶと、そこにはニライカナイから來た小生物ゴーゴが出現し、その尾の裝飾リングから寶がある事を悟った本土からの密猟者と、ゴーゴを保護した地元の少女たちがいた。エリアス姉妹は「ニライカナイの遺跡にはダガーラを倒す秘寶がある」という伝説を知っていた。少女たちとエリアス姉妹、そして姉妹と対立する黒い妖精ベルベラと密猟者はそれぞれ組んで海へ出る?！　ˉ穿`ゴの手引きでニライカナイの遺跡であるピラミッドが海から出現した。だが、寶捜しをしている頃、石垣島にダガーラが上陸し暴れ出したため、エリアス姉妹はモスラを召喚して戦いを挑む。ダガーラとモスラは石垣島から西表島まで空中戦を繰り広げ、遺跡のピラミッド付近で海中戦となり、モスラは海での戦いを得意とするダガーラに海に引きずり込まれた。そしてダガーラは「それ」 = 無數のベーレムをモスラに取り付かせ、モスラは戦闘不能に陥った。エリアスは必死にモスラに取り付いたベーレムを剝がそうと試みるが、あまりにも沢山付いているため、全くきりがない。絶體絶命のピンチに陥ったモスラ、寶の発見は急務となった?！　∵z跡の中のトラップをくぐり抜けた少女たちと密猟者は、辿りついたホールでニライカナイの王女の立體映像から「ゴーゴが寶の主として少女 = 汐里を選んだ」事を告げられる。だが、ダガーラはピラミッドを襲撃してきた! 崩壊するピラミッドの最中、モスラはゴーゴの「命の水」の力により、取り付いたベーレムは取り払われ、さらにレインボーモスラとなってパワーアップし、再びダガーラと再戦する。さっきまでの狀況とは一変し、今度はモスラが優位に立った。ダガーラが再び海中に潛った時、モスラはアクアモスラに変身し、戦いの舞臺は、海底に移った。ダガーラの攻撃をバリアーでガードし、ダガーラに強力な攻撃を與えるモスラ。さらに分身モードとなり、ダガーラの體內から、ベーレムを倒しながら攻撃し、遂にダガーラは倒れ、その後、ピラミッドと共に消滅。モスラも海から出てきた後、元の姿のレインボーモスラに戻り、インファント島に帰って行き、危機は去ったのであった。

　　萱島(竹野內豐)收到父親的訃告回到故鄉，從萱島的父親那里繼承土地的宇和島(山田孝之)與他一起，在山路上開車行駛時遭遇了意外事故。兩人醒來時，發現自己身處森林深處，被六個美麗的女人監禁著。