一名年輕女子在回家途中遭綁架，并被鎖在綁匪家的閣樓里。一年后，在綁匪坐輪椅的母親的幫助下，她制定了逃跑計劃。

　　ある日、沖縄の海に奇怪な生物が現れた。オニヒトデを思わせる「それ」は毒液で漁師を負傷させ、瞬く間に日本全域に広がった。それは伝説のニライカナイの古代文明が環境汚染の解決の為の生體浄化システムとして生み出したが、暴走したために結果としてニライカナイの滅亡の一因となった怪獣ダガーラの復活の前兆であった。　　エリアス姉妹は地球の危機を察知して石垣島へ飛ぶと、そこにはニライカナイから來た小生物ゴーゴが出現し、その尾の裝飾リングから寶がある事を悟った本土からの密猟者と、ゴーゴを保護した地元の少女たちがいた。エリアス姉妹は「ニライカナイの遺跡にはダガーラを倒す秘寶がある」という伝説を知っていた。少女たちとエリアス姉妹、そして姉妹と対立する黒い妖精ベルベラと密猟者はそれぞれ組んで海へ出る。　　ゴーゴの手引きでニライカナイの遺跡であるピラミッドが海から出現した。だが、寶捜しをしている頃、石垣島にダガーラが上陸し暴れ出したため、エリアス姉妹はモスラを召喚して戦いを挑む。ダガーラとモスラは石垣島から西表島まで空中戦を繰り広げ、遺跡のピラミッド付近で海中戦となり、モスラは海での戦いを得意とするダガーラに海に引きずり込まれた。そしてダガーラは「それ」 = 無數のベーレムをモスラに取り付かせ、モスラは戦闘不能に陥った。エリアスは必死にモスラに取り付いたベーレムを剝がそうと試みるが、あまりにも沢山付いているため、全くきりがない。絶體絶命のピンチに陥ったモスラ、寶の発見は急務となった。　　遺跡の中のトラップをくぐり抜けた少女たちと密猟者は、辿りついたホールでニライカナイの王女の立體映像から「ゴーゴが寶の主として少女 = 汐里を選んだ」事を告げられる。だが、ダガーラはピラミッドを襲撃してきた! 崩壊するピラミッドの最中、モスラはゴーゴの「命の水」の力により、取り付いたベーレムは取り払われ、さらにレインボーモスラとなってパワーアップし、再びダガーラと再戦する。さっきまでの狀況とは一変し、今度はモスラが優位に立った。ダガーラが再び海中に潛った時、モスラはアクアモスラに変身し、戦いの舞臺は、海底に移った。ダガーラの攻撃をバリアーでガードし、ダガーラに強力な攻撃を與えるモスラ。さらに分身モードとなり、ダガーラの體內から、ベーレムを倒しながら攻撃し、遂にダガーラは倒れ、その後、ピラミッドと共に消滅。モスラも海から出てきた後、元の姿のレインボーモスラに戻り、インファント島に帰って行き、危機は去ったのであった。

　　20年前，社會主義國家南斯拉夫解體，奉行主義的更迭并未改變東歐這片多災多難土地的命運。戰火持續，人民罹難。時至今日，硝煙仍未從這里散去。卡蘿爾（祖兒·費利克斯 Zoé Félix 飾）、馬提亞（埃瑞克·薩文 Eric Savin 飾）、薩米爾（Arié Elmaleh 飾）是來自法國的救援小組成員。在完成任務后，他們驅車返回祖國。然而必經之路上有士兵把守，為了不浪費時間，薩米爾建議抄小路前進。這一決定將他們引入一條黑暗之途，行至半路，三人被一群全副武裝的不明身份者綁架。在此后的數日內，他們全被關在不見天日的籠子里。　　對于對方的動機卡蘿爾他們全然不知，只有無盡的恐懼伴隨左右，而死神的腳步也在慢慢逼近……

　　在一輛開往莫斯科的火車上，軍事學院的學生安德烈.托爾斯泰（歐列格·緬希科夫 Oleg Menshikov飾）偶遇了風情萬種的美國女人珍（朱莉婭·奧蒙德 Julia Ormond 飾），兩人暗生情愫。珍謊稱自己是個寡婦，來俄羅斯看 望瘋狂的機械師父親（理查德·哈里斯 Richard Harris 飾），但實際上是被請來騙取軍事學院院長拉德洛夫將軍（阿列克謝·彼得連科 Aleksey Petrenko 飾）信任的交際花，好讓機械師的“西伯利亞理發師”伐木機能夠順利駛進西柏林亞。但是沒想到將軍對珍動了真感情，并想向她求婚，而安德烈對珍的感情愈演愈烈，珍一方面想接受安德烈的感情，另一方面又想完成任務，于是事件發展到了不可收拾的地步。在一次演出中安德烈因為嫉妒和誤會，抽傷了院長，被流放到了西伯利亞。在火車站上盡管珍趕上了最后的送別，但是安德烈始終沒能和珍見最后一面。十年后，珍終于在西伯利亞找到了安德烈的住所，但終究逃不過命運的改變……若干年后珍回到了美國，把這段往事在信中講述給了軍事學院的兒子。