以成為神奇寶貝大師為目標，小智（松本梨香 配音）、小剛（うえだゆうじ 配音）和小光（豊口めぐみ 配音）帶著各自的神奇寶貝在世界各地進行艱苦的修業之旅，今天他們歷經長途跋涉終于來到了風景秀美的米琪亞鎮。在當地一對小兄妹的介紹下，小智一行前往神殿遺址游玩。誰知卻遭遇了極其危險的情況。關鍵時刻，掌管時間的迪亞魯加和守衛神殿的西娜（北乃きい 配音）、凱賓（岸祐二 配音）幫助了他們，能與神奇寶貝心靈溝通的西娜還熄滅了冥王龍的怒火。從西娜口中得知，創造了世界的神奇寶貝即將蘇醒，它不僅會使時空扭曲錯亂，還將為世界帶來毀滅性的災難…… 本片為神奇寶貝系列第十二部電影劇場版。

　　明正德年間，禁衛百戶耿烈因欽差被殺貶為捕頭。此時寧昌府發生連串命案，波及寧王壽宴，耿烈奉命追查。為寧王獻畫富商被毒殺，刺殺欽差的女殺手再次出現，這一切讓耿烈意識到寧昌府醞釀的風暴，將會改變大明的朝局。

　　姐妹Nora和Agnes與疏遠的父親——魅力非凡的導演Gustav重聚。這位昔日名導試圖讓舞臺劇演員Nora參演自己寄予厚望的復出之作，卻遭女兒拒絕。Nora很快發現，父親已將她的角色轉給了一位野心勃勃的好萊塢新星。突如其來的變故迫使兩姐妹直面與父親的復雜糾葛，而這位美國明星的加入，更讓本就微妙的家庭關系陷入新的波瀾。

　　保護地球、維護和平，奧特曼對于地球人來說曾經是神一樣的存在，但是近幾十年，他卻消失不見行蹤成謎……隨之取替他的是鋼鐵飛龍精銳小分隊——隸屬于GSB地球安全保衛組織。而GSB近期不斷收到地球能源異常報告，全球各地紛紛出現巨大災難。GSB組織派出鋼鐵飛龍，查明能源異常原因，卻意外發現事件與奧特曼有關系……新舊兩代地球守護者的意外相見，卻成為你死我活的敵對雙方。到底，這是一場意外還是一場陰謀，是誰看到了最后的事實真相？