ある日、沖縄の海に奇怪な生物が現れた。オニヒトデを思わせる「それ」は毒液で漁師を負傷させ、瞬く間に日本全域に広がった。それは伝説のニライカナイの古代文明が環境汚染の解決の為の生體浄化システムとして生み出したが、暴走したために結果としてニライカナイの滅亡の一因となった怪獣ダガーラの復活の前兆であった。　　エリアス姉妹は地球の危機を察知して石垣島へ飛ぶと、そこにはニライカナイから來た小生物ゴーゴが出現し、その尾の裝飾リングから寶がある事を悟った本土からの密猟者と、ゴーゴを保護した地元の少女たちがいた。エリアス姉妹は「ニライカナイの遺跡にはダガーラを倒す秘寶がある」という伝説を知っていた。少女たちとエリアス姉妹、そして姉妹と対立する黒い妖精ベルベラと密猟者はそれぞれ組んで海へ出る。　　ゴーゴの手引きでニライカナイの遺跡であるピラミッドが海から出現した。だが、寶捜しをしている頃、石垣島にダガーラが上陸し暴れ出したため、エリアス姉妹はモスラを召喚して戦いを挑む。ダガーラとモスラは石垣島から西表島まで空中戦を繰り広げ、遺跡のピラミッド付近で海中戦となり、モスラは海での戦いを得意とするダガーラに海に引きずり込まれた。そしてダガーラは「それ」 = 無數のベーレムをモスラに取り付かせ、モスラは戦闘不能に陥った。エリアスは必死にモスラに取り付いたベーレムを剝がそうと試みるが、あまりにも沢山付いているため、全くきりがない。絶體絶命のピンチに陥ったモスラ、寶の発見は急務となった。　　遺跡の中のトラップをくぐり抜けた少女たちと密猟者は、辿りついたホールでニライカナイの王女の立體映像から「ゴーゴが寶の主として少女 = 汐里を選んだ」事を告げられる。だが、ダガーラはピラミッドを襲撃してきた! 崩壊するピラミッドの最中、モスラはゴーゴの「命の水」の力により、取り付いたベーレムは取り払われ、さらにレインボーモスラとなってパワーアップし、再びダガーラと再戦する。さっきまでの狀況とは一変し、今度はモスラが優位に立った。ダガーラが再び海中に潛った時、モスラはアクアモスラに変身し、戦いの舞臺は、海底に移った。ダガーラの攻撃をバリアーでガードし、ダガーラに強力な攻撃を與えるモスラ。さらに分身モードとなり、ダガーラの體內から、ベーレムを倒しながら攻撃し、遂にダガーラは倒れ、その後、ピラミッドと共に消滅。モスラも海から出てきた後、元の姿のレインボーモスラに戻り、インファント島に帰って行き、危機は去ったのであった。

　　清朝末年，城中百姓多數染上怪病。關心國家命運的禾苗希望張孝智助自己到水下地宮取得寶藏。但另有幾方勢力為了獲得地宮寶藏展開了一場大亂斗。最終，眾人發現所謂的寶藏根本子虛烏有。而導致盛京變成人間地獄的根源也非妖魔鬼怪，而是日本人人體試驗的陰謀。 張孝智與禾苗、兄弟錢眼兒、棄暗投明的黑風雙煞最終不計自身安危地準備解救盛京的危局……

 影片主線講述了19世紀一戶普通家庭來到芝加哥并奮斗的故事，影片后半一頭母牛碰倒了提燈點燃了大火，展現了驚人的火災場景。

　　在一個肅殺的夜晚，滿身傷痕的女孩西恩娜（艾麗森·蘭格 Allison Lange 飾）跌跌撞撞沖入公路。她隨即被送往醫院，在探員贊恩（詹森·倫敦 Jason London 飾）的詢問下，驚魂未定的西恩娜終于說出了那段恐怖經歷。　　兩周前，她和同在醫科大學念書的好友斯科特（B.J. Britt 飾）、杰森（尼克·霍爾莫斯 Nick Holmes 飾）、本（C.J. Thomason 飾）、夏儂等人結伴外出游玩。他們駐留在一所古堡，看似一切充滿了刺激和樂趣，但是這份無上喜悅很快便蒙上一層陰影。在他們身后，似乎有一個手執手術刀的奪命醫生蠢蠢欲動，死神的腳步越來越近。這群躊躇滿志的未來醫生，儼然成為了手術臺上的致命犧牲品……