In a dream Uncle Jack looks through a magic telescope owned by the ghost of a hermit and sees what life was like millions of years ago, including a battle between prehistoric monsters.

　　The boisterous, arrogant professor Challenger, a reputed biologist and anthropologist, dares the London Zoological Society to mount an expedition to verify his spectacular claim, without physical proof, that his previous expedition to the Amazonian basin found live dinosaurs. Apart from him and his 'socialite' counterpart, professor Summerlee, it consists of experienced discoverer Lord Roxbury, the young reporter Ed Malone -who got publicly struck down with Challenger's umbrella at his arrival- and Jennifer Holmes, Malone's news agency's boss's daughter, essentially as conditions for putting up the money. In Brazil they are joined by Jennifer's brother David and local 'guide' Manuel Gomez. They soon discover the dinosaurs are real and dangerous, like giant spiders, but loose their helicopter and thus are desperate for a way down from the isolated plateau. They learn Roxbury knew about the fate of Burton White, an explorer whose diary they find, thus presume to be dead, in search of diamonds, and confirmation of the local tribe being the lethal guardians of the plateau's secrets, but also get surprising help...

　　學識淵博偉岸帥氣的任智勛（李忠秀 飾）是小有名氣的精神科醫師，他偏向冷靜思維人與人之間的情感，將一切都歸于最理性科學解釋，內心雖感深深孤獨，卻時常和不同的女子夜夜歡歌，雙棲雙宿，一味沉湎肉體的歡愉。他的同事兼好友俊基則不然，是一個追求真愛的傳統男子。俊基通過相親結識美麗的提線木偶師賢貞（具智成 飾），然而對方仿佛隱藏的無盡的心事。賢貞時常會看到恐怖的鬼影出現在她的面前，有時會莫名其妙失去知覺。為了幫助女友擺脫困境，俊基拜托智勛采用催眠的辦法為賢貞治療。　　催眠過程中，賢貞講述了自己隱秘的過去，并開始表現出妖冶鬼魅的人格。禁不住誘惑，智勛利用催眠跨越禁區，全然不計任何后果……

　　ある日、沖縄の海に奇怪な生物が現れた。オニヒトデを思わせる「それ」は毒液で漁師を負傷させ、瞬く間に日本全域に広がった。それは伝説のニライカナイの古代文明が環境汚染の解決の為の生體浄化システムとして生み出したが、暴走したために結果としてニライカナイの滅亡の一因となった怪獣ダガーラの復活の前兆であった。　　エリアス姉妹は地球の危機を察知して石垣島へ飛ぶと、そこにはニライカナイから來た小生物ゴーゴが出現し、その尾の裝飾リングから寶がある事を悟った本土からの密猟者と、ゴーゴを保護した地元の少女たちがいた。エリアス姉妹は「ニライカナイの遺跡にはダガーラを倒す秘寶がある」という伝説を知っていた。少女たちとエリアス姉妹、そして姉妹と対立する黒い妖精ベルベラと密猟者はそれぞれ組んで海へ出る。　　ゴーゴの手引きでニライカナイの遺跡であるピラミッドが海から出現した。だが、寶捜しをしている頃、石垣島にダガーラが上陸し暴れ出したため、エリアス姉妹はモスラを召喚して戦いを挑む。ダガーラとモスラは石垣島から西表島まで空中戦を繰り広げ、遺跡のピラミッド付近で海中戦となり、モスラは海での戦いを得意とするダガーラに海に引きずり込まれた。そしてダガーラは「それ」 = 無數のベーレムをモスラに取り付かせ、モスラは戦闘不能に陥った。エリアスは必死にモスラに取り付いたベーレムを剝がそうと試みるが、あまりにも沢山付いているため、全くきりがない。絶體絶命のピンチに陥ったモスラ、寶の発見は急務となった。　　遺跡の中のトラップをくぐり抜けた少女たちと密猟者は、辿りついたホールでニライカナイの王女の立體映像から「ゴーゴが寶の主として少女 = 汐里を選んだ」事を告げられる。だが、ダガーラはピラミッドを襲撃してきた! 崩壊するピラミッドの最中、モスラはゴーゴの「命の水」の力により、取り付いたベーレムは取り払われ、さらにレインボーモスラとなってパワーアップし、再びダガーラと再戦する。さっきまでの狀況とは一変し、今度はモスラが優位に立った。ダガーラが再び海中に潛った時、モスラはアクアモスラに変身し、戦いの舞臺は、海底に移った。ダガーラの攻撃をバリアーでガードし、ダガーラに強力な攻撃を與えるモスラ。さらに分身モードとなり、ダガーラの體內から、ベーレムを倒しながら攻撃し、遂にダガーラは倒れ、その後、ピラミッドと共に消滅。モスラも海から出てきた後、元の姿のレインボーモスラに戻り、インファント島に帰って行き、危機は去ったのであった。